Por último, en Liga consiguieron la quinta plaza que le daba acceso a la fase de grupos de la Europa League 2016-17. En la última temporada de Valverde, el equipo estuvo titubeante tanto en Liga como en Europa (eliminado por el APOEL), sin embargo, en la Copa del Rey los leones volvieron a caer eliminados, en octavos de final, frente al FC Barcelona dando una buena imagen. Sin embargo, fue durante el primer tramo del partido cuando el Cádiz comenzó metiendo miedo. Con el cambio de técnico el equipo mejoró notablemente y el 17 de enero de 2021 conquistó su tercera Supercopa de España; los rjiblancos eliminaon al Real Madrid (2-1) en la semifinal y después se enfrentaron al F. C. Barcelona en final, camisetas de futbol baratas en un partido que se decidió en la prórroga con un gol de Iñaki Williams que puso el 3-2 en el marcador a favor del Athletic. En agosto de 2015 se enfrentó al F. C. Barcelona por el título de la Supercopa de España gracias a su subcampeonato de Copa y a que el Barcelona fue campeón tanto de Liga como de Copa. Así, el Athletic alcanzó la final de la Copa del Rey y, posteriormente, se clasificó para disputar una final europea tras treinta y cinco años sin hacerlo, eliminando a equipos como el Paris Saint-Germain, Lokomotiv, Manchester United, Schalke 04 y Sporting de Portugal, entre otros.
En aquella temporada, los cinco primeros clasificados se mostraron altamente superiores al resto; tal es así, que el Sevilla F. C., quinto clasificado en Liga, logró la extraordinaria cifra de 76 puntos (hasta ese momento, ni el cuarto clasificado de Liga había pasado nunca de los 71 puntos). Es allí donde cayeron contra el Sevilla en la tanda de penaltis, tras la conclusión de los dos partidos por 1-2; más tarde el equipo andaluz terminó proclamándose campeón. En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. Ellas son algunas de las características más reconocibles de la idiosincrasia del club. Almería Femenino, dicha peña es la primera de la historia del equipo femenino. En la recta final de la temporada el equipo tuvo opciones de luchar por un puesto de Europa League, pero los malos resultados en partidos clave echaron por tierra cualquier posibilidad, y finalmente concluyeron la liga en decimoprimera posición con 51 puntos. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición.
Al final logró pasar como primero de grupo y en dieciseisavos se enfrentó al campeón de la liga rusa, el Spartak Moscú, a quien consiguió vencer en el partido de ida por 1-3, mientras que en el partido de vuelta cayó por 1-2 en San Mamés, pero se clasificó para la siguiente ronda por el marcador global de la eliminatoria. El Bilbao Athletic y el Club Deportivo Basconia son los dos equipos filiales del club, el primero fue fundado en 1964 y juega en la Primera División RFEF. Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club. La temporada 2012-13 estuvo marcada por el regreso de Aritz Aduriz y la marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich, quien tras muchas tribulaciones abonó la cláusula de 40 millones de euros que daba por rescindido su contrato con el Athletic, sumado a la decisión de no renovar su contrato de Fernando Llorente. La siguiente temporada 2008-09 supuso la confirmación de que el equipo se estaba recuperando positivamente, dejando atrás los fantasmas del descenso. Sí consiguió buenos resultados en la Copa, donde tras eliminar al F. C. Barcelona en cuartos de final -con un ajustado remate de cabeza de Iñaki Williams en el último minuto- y al Granada C. F. en semifinales -gracias a un gol decisivo de Yuri-, accedió a su 38.ª final del torneo contra su eterno rival, la Real Sociedad.
En cuanto a la Copa, los de Valverde lograron llegar hasta cuartos de final, donde no fueron capaces de superar a un Atlético de Madrid inconmensurable, que realizó una temporada soberbia, alzándose con el título de Liga. Desafortunadamente, cayó eliminado frente al FC Barcelona, tras una mala actuación del conjunto almeriense. La buena noticia es que habrá pastel incluso para los que lleguen más tarde a la fiesta porque “los primeros tendrán oportunidad de capturar mucho valor, pero el potencial que se deduce del metaverso va a hacer que haya oportunidades también para los que entren a posterior”, observa Almirall. En la temporada 2010-11 el equipo continuó su progresión de forma ascendente, y las jóvenes promesas ya comenzaron a hacerse un hueco dentro del equipo titular, compitiendo con las recién emergidas esa temporada; Borja Ekiza, Jon Aurtenetxe, Ibai Gómez e Igor Martínez, unas con más éxito que otras. Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender.