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Las últimas décadas de la historia del club se han caracterizado por la irregularidad en la clasificación final de cada liga, con grandes campañas con entrenadores como Javier Clemente, (con quien se llega a la final de la Copa de la UEFA en 1988), y dos descensos a Segunda División en la década de los 90 en un contexto de grave crisis económica, especialmente durante los mandatos de Julio Pardo Padrós y Francisco Perelló, siendo grandes jugadores de la época Tintín Márquez, Ernesto Valverde, Pichi Alonso, John Lauridsen y Thomas N’Kono entre otros. En las dos décadas posteriores tuvo gran éxito la «segunda delantera histórica» del club, formada por Iriondo, Venancio, Zarra, camiseta real sociedad 2022 Panizo y Gaínza. Durante esta época se crea la famosa delantera españolista que pasaría a la historia del club bajo el nombre de «los 5 delfines», que en realidad eran seis; Amas, Marcial, Cayetano Re, Rodilla, José María y Miralles. En las temporadas 1943-44, 1944-45 y 1946-47 se retiraron tres grandes jugadores del club: Pere Solé, Crisanto Bosch y Alberto Martorell, y por este hecho el club les hizo homenajes. Tal y como exigen las normas de la Liga Nacional de Fútbol Profesional, los jugadores de la primera plantilla deberán llevar los dorsales del 1 al 25. Del 26 en adelante serán jugadores del equipo filial.
Cabe mencionar que el Almería fue capaz de eliminar entre otros, a clubes que en ese momento se encontraban en Primera División como el Alavés (5-0) o el Osasuna (0-0 y 5-4 en los penaltis). Es uno de los pocos clubes que ostenta el récord de haber marcado uno de los goles más rápidos de la liga. A su llegada al vestuario, los jugadores blanquiazules, se encontraron con algo insólito, pues dentro de este había una gran humareda producida por el quemado de unas toallas además de no haber agua caliente. La estadía en este estadio fue únicamente para rellenar los textos de historia, pues en diciembre del mismo año abandonaron el predio. Ya sin posibilidades llegaría la derrota por 3-0 frente al Rapid de Viena antes de poner fin a la participación con el séptimo y último partido frente a los israelitas del Petah Tikvah el 27 de julio, con triunfo españolista por 4-1, ambos disputados de nuevo en el Polo Grounds de Nueva York. El cuarto encuentro llegaría el 12 de julio en el mismo escenario neoyorquino, contra el Estrella Roja de Belgrado, quien cortó de raíz la buena marcha de los entonces discípulos de Ricardo Zamora al derrotarlos por un contundente 7-2. El 16 de julio, de nuevo en el Polo Grounds, la derrota por 5-1 frente al Dukla Praga alejó al conjunto españolista de toda opción de clasificación para la final.
El conjunto perico se impuso por 3 goles a 2 frente al Valencia Club de Fútbol, siendo el defensa valencianista Iván Campo el autor del último gol de la historia del estadio. El primer partido se disputó el 4 de julio en Montreal ante el Concordia canadiense en el Molson Stadium con resultado final de empate a un gol. Se empezó jugando en Kiev contra el FC Dinamo de Kiev, siendo derrotados por los ucranianos por 3 goles a 0. Continuó la gira por Leningrado, para enfrentarse al Zenit de San Petersburgo, acabando el partido con empate a cero. Para disputar el último partido de la gira, el equipo se desplazó a Moscú, para jugar contra el Torpedo de Moscú, siendo también el resultado final de empate a cero. Con Paco Flores como entrenador, el club consigue su tercera Copa del Rey en la temporada 1999/00, el mismo año de su centenario, en una final disputada contra el Atlético de Madrid (2-1) en el Estadio de Mestalla. Independiente y Racing Club. En 1918 obtuvo por segunda vez la Copa de Honor; venciendo en 16avos de final al Club Columbian, en otro clásico de Avellaneda contra Racing Club por 2-1, en cuartos contra Boca Juniors por 2-1, en semifinales por 3-1 contra Newell’s Old Boys y la final por 1-0 contra Platense con un gol de Gualberto Galeano.
El 9 de junio de 2007, Raúl Tamudo se convirtió en el máximo goleador de la historia superando así los 111 goles de Rafael Marañón, y consiguiendo el total de 113. El gol más recordado de Raúl Tamudo es sin duda el marcado en la temporada 2006/07 al F. C. Barcelona en el último minuto de partido en el Nou Camp, que le costó el título de la Liga al F. C. Barcelona en favor del Real Madrid Club de Fútbol. El R. C. D. Español, llegaba líder invicto y con una ventaja de seis puntos sobre el FC Barcelona. Seis años después y con Miguel Ángel Lotina de entrenador, se logra la cuarta Copa del Rey en el Estadio Santiago Bernabéu de Madrid en una final disputada contra el Real Zaragoza (4-1). A nivel europeo, el club participa tres veces, dos de ellas consecutivas, en la Copa de la UEFA, las temporadas 2000/01, 2005/06 y 2006/07. En esta última se llega a la final, que se disputa ante el Sevilla FC en Hampden Park, y que finalmente se pierde en la tanda de penaltis.