Quedaba la antepenúltima plaza de descenso por determinar, que se disputaban cuatro equipos. Esa temporada el Athletic volvió a disputar una final de la Copa del Rey veinticuatro años después, tras eliminar a cuatro equipos de Primera División; Recreativo de Huelva, C. A. Osasuna, Real Sporting de Gijón y Sevilla F. C.. Complejo de Wilde: en sus 27 hectáreas, cuenta con un gran natatorio de 4.800 metros cuadrados y una capacidad de 7.800.000 litros de agua. Además, camiseta de la real sociedad el logro es mayor teniendo en cuenta que 6500 socios se afiliaron al Oviedo A. C. F.. Memphis Depay es el mayor realizador culé. Dos hechos de diferente cariz marcaron la temporada: el fallecimiento en accidente del joven jugador Armando Barbón y los 16 573 espectadores que asistieron al choque entre el Real Oviedo y el Oviedo A. C. F., la mayor asistencia a un partido de Tercera División de la historia. Con el primero se obtiene el mayor hito de esta época: en la temporada 1990/91 el Real Oviedo acaba en sexta posición en el campeonato lo que le da derecho a jugar la Copa de la UEFA 1991/92 por primera vez en su historia.
En la temporada 2008/09, por primera vez en mucho tiempo sin ningún conflicto extradeportivo, el Real Oviedo finalizó de nuevo en primera posición del campeonato regular consiguiendo 103 puntos y 100 goles a favor. Con 42 puntos estaba el Real Valladolid C. F., con 41 puntos el Real Oviedo y el Real Zaragoza, y con 39 puntos y en zona de descenso, el C. A. Osasuna. Mientras, en la liga, el equipo se pasó toda la temporada en la parte media-baja de la clasificación, incluso en algunas jornadas se metió en puestos de descenso, pero finalmente logró la salvación sin pasar demasiados apuros, quedando en 12.ª posición. A partir de la temporada 2009-10 el equipo entró en una etapa de crecimiento, en la cual comenzaron a emerger jóvenes promesas como Iker Muniain, Óscar de Marcos, Mikel San José, Markel Susaeta y Ander Iturraspe, si bien su participación aún era secundaria. Llegando al final del campeonato, el equipo se desinfla y entra en una crisis de juego, lo que hace que el club termine la temporada sufriendo, pero consiguiendo el objetivo de la salvación.
Inmediatamente después del descenso a Tercera División, y en medio de una gran crisis resultado de la nefasta gestión por parte de Celso González y Eugenio Prieto, se gestó el cisma que habría de sufrir el fútbol de la ciudad de Oviedo. El primer presidente del consejo de administración fue Eugenio Prieto Álvarez, quien ya desempeñaba el cargo de presidente del club desde 1988. Celso González García se convierte en el máximo accionista de la entidad. Langone, el presidente del club, anteriormente ya había sido fundador y jugador de otro club de football, el Plate United BFC. Este homenaje de la afición junto con su mala campaña en el Atlético motivaron al jugador a fichar en la temporada siguiente por el Real Oviedo definitivamente, convirtiéndose en uno de los estandartes de esta época. El arranque de temporada del equipo es sobresaliente y se logra alcanzar el liderato en la jornada 7, camisetas futbol baratas siendo el único equipo de la categoría sin perder ningún encuentro en todas las jornadas disputadas hasta ese momento. Para llegar al field los equipos tomaban el tranvía eléctrico hasta la esquina de la calle Boyacá donde el cartel del almacén los orientaría, era usual que uno o más integrantes del equipo local los esperasen en un sitio a convenir a fin de llevarlos hasta el field caminando las diez cuadras que los separaban de la parada del tranvía.
La clasificación era la siguiente: los dos últimos ya descendidos matemáticamente eran el C. D. Numancia de Soria y el Real Racing Club de Santander. A principios del siglo XX, el fútbol en Vizcaya era un deporte relativamente nuevo, por lo que aún no había expertos en la materia, y mucho menos para entrenar debidamente a un equipo de fútbol que, caso del Athletic, aspiraba a algo más que ser un equipo aficionado. Con Clemente el equipo mejoró y logró la salvación en la penúltima jornada (victoria por 1-2 en Riazor). Llegó la última, y más sonada jornada de los últimos años. 2008, la refinería vizcaína Petronor, primera publicidad comercial en 110 años de historia en la camiseta rojiblanca. La tensión explotó en el partido de ida de la primera eliminatoria de la fase de ascenso a Segunda División B contra el Caravaca C. F., donde el Real Oviedo salió derrotado por 4-1 dando una pobre imagen. El 29 de abril de 1984 el equipo bilbaíno logró una victoria (2-1) en la última jornada de liga, gracias a los goles de Íñigo Liceranzu, que permitieron obtener el título liguero. Los entrenadores no duran más de una temporada y eso se nota en el equipo.