El buen devenir del centenario dio paso a una etapa de tres años consecutivos sin títulos y malos registros como el de perder cinco partidos consecutivos, la peor racha de la historia liguera del club. El equipo ovetense es uno de los ciento cuarenta clubes que han vencido una competición oficial reconocida por la Real Federación Española de Fútbol, con un total de once títulos. La comisión decide que ya no tenía sentido seguir pagando el costoso alquiler del campo del Colegio Nacional Oeste y no poder disponer de él para jugar en la liga oficial de Primera División. El primer cántico adoptado como himno (no oficial) del Athletic Club fue el «Alirón». Las iniciales. En la parte superior del escudo se encuentran las iniciales del club sobre una banda azul. En la parte inferior: La última parte del escudo está compuesta por un triángulo invertido con lados redondeados sobre el cual encontramos un fondo blanco sobre el que se ubican tres rayas rojas del mismo tono que la «U» y la «D» de la parte superior, color del equipo y de la bandera de la ciudad y de la provincia de Almería.
Su gran casta en el terreno de juego, sería recordada desde entonces cada minuto 7 de partido en el estadio blanco. Esto representó un golpe duro para la entidad, ya que en su afán de construir un estadio importante, había adelantado una cantidad importante de dinero para su construcción y la quiebra y el sobrecosto que supuso, pusieron la economía del club bajo mínimos. Con el club de nuevo en lo alto del fútbol mundial, el 16 de julio del año 2000 se celebraron nuevas elecciones presidenciales. Se trabajó con gran efecto y el equipo ganó dos Ligas y la novena Copa de Europa en 2002, el año del Centenario, frente al Bayer Leverkusen Fußball por 2-1, gracias a un gol histórico de volea de Zidane y a la actuación de Casillas en los últimos instantes del encuentro. De la mano del técnico español se logró conquistar la octava Copa de Europa en el año 2000 tras derrotar por 3-0 al Valencia C. F. en una histórica noche de París en la que por primera vez en la final de la competición se enfrentaron dos equipos del mismo país. A pesar del claro dominio del club italiano, que pegó 2 tiros en los palos y erró un penal, Independiente venció 1-0 a la Juve con un gol de Ricardo Bochini, un juvenil de 19 años, a 10 minutos del final, para que Independiente por primera vez sea campeón del mundo.
Fue sucedido por Lorenzo Sanz en 1995. Se culminó esa temporada alejados de los primeros puestos de Liga, por lo cual no disputó ninguna competición europea por segunda vez en su historia desde que se instaurasen esos torneos. Con el equipo de nuevo en competición europea y bajo las órdenes del técnico alemán, el equipo merengue consiguió conquistar el máximo torneo continental de Europa después de perseguirlo durante los últimos treinta y dos años. Posteriormente alzó la Supercopa de Europa, único título europeo que le faltaba -ya que la Recopa de Europa dejó de existir en 1999-, y la Copa Intercontinental. El accidente ocurrió poco después de presenciar un partido frente al Torino Football Club de la Copa de la UEFA. Encaminado en esa línea el club inició extensas y numerosas giras para proseguir con la expansión de la entidad llegando a sus más altos registros económicos y de popularidad que se vieron reforzados con numerosos acuerdos entre los que destacó la venta de la Ciudad Deportiva del Paseo de la Castellana, merced a la cual el club llevó a cabo años después uno de sus más ambiciosos proyectos: la construcción de la Ciudad Real Madrid. En cuanto al plano baloncestístico, el club, que vio mermada su supremacía en España y Europa, consiguió mantener la línea de buenos resultados y se alzó con su octava Copa de Europa y con dos nuevas Recopas de Europa (1992 y 1997) convirtiéndose en ambas competiciones en el equipo europeo más laureado.
Como exjugador, era un gran conocedor del club y consigue asentar una filosofía que hace que el club vuelva a ser el dominador de Europa. Sabedor de la importancia histórica de la cantera, dio confianza al joven y prometedor portero Iker Casillas -quien debutó gracias a John Benjamin Toshack en un partido frente al Athletic Club en «La Catedral» con apenas dieciocho años-. La junta puso al frente del banquillo al entrenador del filial, Gaizka Garitano, que debutó con victoria en la vuelta de los dieciseisavos de final de la Copa del Rey contra la S. D. Huesca (0-4). El técnico vizcaíno decidió apostar por un bloque sólido en defensa y colocar en punta de ataque al veloz Iñaki Williams, algo que dio rédito desde el primer momento. Se ganó una Copa del Rey en la temporada 1992-93, que fue, sin que nadie imaginase vaticinarlo, camiseta real sociedad la que iniciase una larga sequía en esta competición que perduró hasta dos décadas. C. D. Tenerife. Además destacó la faceta goleadora de Iván Zamorano que fue el «pichichi» de la competición con veintiocho goles. El portugués fue uno de los artífices para que el equipo conquistase la Liga 2000-01 junto a Raúl, «pichichi» del campeonato con 24 goles.