En honor al centenario de la entidad, el club recibe de la Generalidad de Cataluña el Premio Cruz de Sant Jordi, y el 14 de noviembre de 1999, se juega el partido que inauguraba los actos del centenario en el Estadio Olímpico de Montjuïc (renombrado en 2001 como Estadio Olímpico Lluís Companys), en el que el R. C. D. Espanyol derrotó a la Selección Argentina de Fútbol por 2 goles a 0. La remontada patrimonial de la entidad se inicia con la construcción de una Ciudad Deportiva propia en San Adrián de Besós, inaugurada en 2001, y la colocación de la primera piedra del nuevo estadio del club en 2003, situado entre los municipios de Cornellá de Llobregat y El Prat de Llobregat, y financiado por un crédito concedido por cinco entidades financieras por un total de 55 millones de euros. Durante la década de los 70 y principio de los 80 destaca en el R. C. D. Español la figura del futbolista navarro Rafael Marañón, que con 111 goles llegó a ser el jugador que más goles había marcado en la historia del club durante muchos años, hasta que fue superado por otro icono de la entidad, Raúl Tamudo.
En este mismo encuentro Raúl Tamudo logró un hat-trick y alcanzó la cifra de 129 goles con el conjunto españolista. El 9 de junio de 2007, Raúl Tamudo se convirtió en el máximo goleador de la historia superando así los 111 goles de Rafael Marañón, y consiguiendo el total de 113. El gol más recordado de Raúl Tamudo es sin duda el marcado en la temporada 2006/07 al F. C. Barcelona en el último minuto de partido en el Nou Camp, que le costó el título de la Liga al F. C. Barcelona en favor del Real Madrid Club de Fútbol. Los dos clubes de Avellaneda eran, entonces, los máximos protagonistas del escenario del fútbol argentino y, tras una década racinguista, llegaron los primeros grandes años rojos. Regido por la Real Federación Española de Fútbol (RFEF) a nivel nacional, y por la Unión Europea de Asociaciones de Fútbol (UEFA) y la Federación Internacional de Fútbol Asociación (FIFA) -máximo organismo futbolístico- a escala internacional, es la cuarta entidad asturiana más longeva, así como uno de los clubes históricos que más veces han disputado la máxima categoría de la Primera División con un total de 38 temporadas desde su instauración en 1929, situándose en el puesto decimoctavo en su clasificación histórica.
La temporada siguiente, se sentó en el banquillo el hombre que entrenando al Real Valladolid Club de Fútbol había enviado al R. C. D. Español a Segunda, Heriberto Herrera, y se recuperó la división perdida la temporada anterior. Deportivamente, durante esta etapa, el equipo se instala en la zona media de la clasificación con la excepción de las temporadas 2002/03 y 2005/06 en las que se roza el descenso y la 2004/05, en la que se acaba a un punto de acceder a la Liga de Campeones de la UEFA, con Miguel Ángel Lotina en el banquillo. Con Santamaría en el banquillo se realizan grandes campañas en la liga española. Las últimas décadas de la historia del club se han caracterizado por la irregularidad en la clasificación final de cada liga, con grandes campañas con entrenadores como Javier Clemente, (con quien se llega a la final de la Copa de la UEFA en 1988), y dos descensos a Segunda División en la década de los 90 en un contexto de grave crisis económica, especialmente durante los mandatos de Julio Pardo Padrós y Francisco Perelló, siendo grandes jugadores de la época Tintín Márquez, Ernesto Valverde, Pichi Alonso, John Lauridsen y Thomas N’Kono entre otros.
El cuarto encuentro llegaría el 12 de julio en el mismo escenario neoyorquino, contra el Estrella Roja de Belgrado, quien cortó de raíz la buena marcha de los entonces discípulos de Ricardo Zamora al derrotarlos por un contundente 7-2. El 16 de julio, de nuevo en el Polo Grounds, la derrota por 5-1 frente al Dukla Praga alejó al conjunto españolista de toda opción de clasificación para la final. En la liga regular, el equipo lleva una mala trayectoria y se hacen cargo del equipo Ricardo Zamora y Julián Arcas, pero no logran evitar el primer descenso del club a Segunda División. Debido a la mala gestión económica y deportiva de los directivos, el club se ve obligado a vender el Estadio de Sarriá y así paliar la deuda que arrastra el club. Tras doce temporadas en el Estadio Olímpico de Montjuïc, el club se trasladó al Estadio de Cornellá-El Prat. En esta década, después del cambio de formato de la Copa de Ferias, que pasa a ser la Copa de la UEFA, participa las temporadas 1973-1974 y 1976-1977, camisetas futbol siendo eliminado en octavos de final.
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El 7 de enero de 2019 marcó el primer gol del año del club rojiblanco, su quinto tanto de la temporada, en la victoria por 1 a 2 ante el Celta de Vigo, que sirvió para salir de los puestos de descenso. Sin embargo, Guardiola le hizo debutar en Primera División, el 17 de mayo de 2009, en el ONO Estadi ante el RCD Mallorca, con resultado de 2-1 a favor del equipo local, Oier llevó el dorsal «41». Sin embargo, no llegó a participar en ningún encuentro. Sin embargo, el desempeño de Independiente se vio afectado luego de caer ante Quilmes por 3 a 1, encuentro donde varios de los delanteros del Rojo fueron lesionados por el juego violento del Cervecero, en lo que fue el primer caso de incentivo del profesionalismo por parte de River Plate. También ha sido internacional con la selección de fútbol del País Vasco en un partido amistoso ante Túnez. ↑ «El ‘hijo’ vasco de Thuram». ↑ «El irunés Oier Olazabal debutó con el Barça en la Copa, pero los azulgrana buscan portero». ↑ «Real Sociedad: Oier Olazabal: «Sólo por jugar en la Real ha merecido la pena» – Marca.com». 3′ Falta de Carlos Fernández (Real Sociedad).