De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, tras la marcha de Ernesto Valverde al FC Barcelona. Han hecho un fútbol al que no están acostumbrados y no les gusta. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid. Destacaron las cinco victorias consecutivas conseguidas en esta segunda vuelta, incluida la victoria ante el Real Madrid C. F. en San Mamés por 1-0, con un golazo de cabeza de Aritz Aduriz. La temporada 2012-13 estuvo marcada por el regreso de Aritz Aduriz y la marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich, quien tras muchas tribulaciones abonó la cláusula de 40 millones de euros que daba por rescindido su contrato con el Athletic, sumado a la decisión de no renovar su contrato de Fernando Llorente.
Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club. En 1994 José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo a Jon Andoni Goikoetxea del FC Barcelona y a Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta, en sustitución de Jupp Heynckes, que había decidido antes de las elecciones no continuar en el club. En el verano de 2011, se celebraron elecciones a la presidencia del club, de las cuales salió vencedor Josu Urrutia. Con esta nueva reglamentación, desaparecieron los apellidos ingleses de las alineaciones del Athletic y del resto de clubes de fútbol. Finalmente el Athletic concluyó la liga 9.º y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva. En marzo, el técnico serbio fue cesado y Amorrortu volvió a hacerse cargo del equipo, que cosechó la peor clasificación de su historia en liga hasta ese momento, camiseta real sociedad 2022 acabando en 15.º posición. De la fusión del Sinaloa, Lusitania, Condesa y el U53 nace el Atlante en 1918, cuyos componentes eran de extracción proletaria; sus dirigentes fueron los hermanos Trinidad y Refugio Martínez. Ingenioso, ecléctico y de pincel extraordinario, a través de su rica y bella obra mostró la España del siglo XVIII que dejó escapar el gigante de Fuendetodos, más moderna, europeísta y colorista.
Además, el doblete de Liga y Copa dio al Athletic de forma automática la Supercopa de España. Los días 19 y 27 de agosto de 2014 se jugó el play-off de clasificación para la fase de grupos de la Liga de Campeones, y al Athletic le tocó enfrentarse contra el Nápoles, uno de los rivales más fuertes que había en el bombo. Por último, en Liga consiguieron la quinta plaza que le daba acceso a la fase de grupos de la Europa League 2016-17. En la última temporada de Valverde, el equipo estuvo titubeante tanto en Liga como en Europa (eliminado por el APOEL), sin embargo, en la Copa del Rey los leones volvieron a caer eliminados, en octavos de final, frente al FC Barcelona dando una buena imagen. Para esa final, Bielsa alineó al equipo de gala; Iraizoz, Iraola, Javi Martínez, Amorebieta, Aurtenetxe, Iturraspe, Herrera, De Marcos, Susaeta, Llorente y Muniain. En la temporada 2010-11 el equipo continuó su progresión de forma ascendente, y las jóvenes promesas ya comenzaron a hacerse un hueco dentro del equipo titular, compitiendo con las recién emergidas esa temporada; Borja Ekiza, Jon Aurtenetxe, Ibai Gómez e Igor Martínez, unas con más éxito que otras.
Y en la Copa del Rey volvió a llegar hasta semifinales, cayendo de forma dolorosa en los penaltis ante el Real Betis, que posteriormente se proclamó campeón. Será una revolución en nuestra forma de comunicarnos”, apunta Markus Reinisch, VP Public Policy Europe, Middle East and Africa en Meta. Las continuas disputas entre estas dos figuras provocó una división interna, no solo en el vestuario, sino también entre los aficionados que defendían las posturas de uno u otro bando. Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club tras 12 temporadas en el primer equipo, con el que disputó 510 partidos oficiales, convirtiéndose en el cuarto jugador que más partidos ha disputado en la historia del Athletic. Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid. El Athletic logró finalmente su objetivo de clasificarse para la Europa League, alcanzando la sexta posición con 58 puntos, los mismos que el Sevilla F. C. (quinto) y el Atlético de Madrid (séptimo). El ocaso de esta generación de campeones se empezó a fraguar en la temporada 1984-85, con la eliminación de la Copa de Europa a las primeras de cambio a manos del Girondins de Burdeos, la final de Copa perdida ante el Atlético de Madrid o el desilusionante tercer puesto en liga.